Juan Bruguera Prieto es licenciado y doctor en Medicina y Cirugía por la Universidad de Navarra. Realizó su formación en Cirugía Ortopédica y Traumatología en el Reino Unido, siendo nombrado posteriormente Jefe de Residentes (Senior Registrar) en Leeds. Después, obtuvo la plaza de Shoulder Fellow en Reading como discípulo de Steve Copeland.
En 1996 volvió a Pamplona siendo nombrado dos años después director Médico para Navarra de MAZ en 1998. Este último trabajo lo compagina con su actividad en el Hospital San Juan de Dios en donde atiende pacientes con patología de Hombro y Codo, aplicando técnicas quirúrgicas tanto artroscópicas como abiertas dependiendo de la patología: inestabilidad, fracturas, artrosis, etc.
El doctor Juan Bruguera es miembro de la Junta Directiva (Executive Committee) de la Sociedad Europea de Cirugía de Hombro y Codo, actualmente en calidad de Secretario General.
Ha sido Presidente del Comité de Miembros y posteriormente, Presidente del Comité de Educación de la SECEC, además de Delegado Nacional de la Sociedad Europea en España, Presidente de la Sociedad Española de Cirugía de Hombro y Codo y vocal de Medicina Libre y Colectiva del Colegio de Médicos de Navarra.
En 2011 fue elegido Secretario General de la Sociedad Europea de Cirugía de Hombro y Codo.